ซึ่งการขึ้นทะเบียน อย. สำหรับสินค้าที่ต้องขอใบอนุญาตในการผลิตจะแบ่งเป็น 2 ประเภท ดังนี้

1. กลุ่มผลิตภัณฑ์ที่ไม่ต้องมีเครื่องหมาย อย. เป็นผลิตภัณฑ์หรืออาหารไม่แปรรูปหรือเป็นการแปรรูปอย่างง่าย มีเครื่องจักรต่ำกว่า 5 แรงม้า หรือมีคนงานน้อยกว่า 7 คน สามารถผลิตและจำหน่ายได้ในชุมชน แต่ต้องผ่านการผลิตที่ถูกต้องตามกระทรวงสาธารณสุข เช่น การผลิตโดยการผ่านความร้อนและการฆ่าเชื้อที่ถูกต้อง ไม่มีสารที่เป็นอันตรายเจือปน

2. กลุ่มผลิตภัณฑ์ที่ต้องมีเครื่องหมาย อย. เป็นผลิตภัณฑ์หรืออาหารแปรรูปหรืออาหารสำเร็จรูปที่มีผลก่อให้เกิดความเสี่ยงต่อผู้บริโภคในระดับต่ำไปถึงสูง เป็นอาหารที่ต้องมีฉลาก มีการกำหนดคุณภาพ และการควมคุมเฉพาะ ดังนั้น ต้องขออนุญาตเกี่ยวกับสถานที่ผลิต และต้องไปขอขึ้นทะเบียนอาหาร หรือจดแจ้งรายละเอียดต่างๆ กับสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา หรือสาธารณสุขจังหวัด